位于大岗山山麓，由于庙基系坐落于「莲花穴」上，乃以此穴名之「莲」与超峰寺「峰」字而名。莲峰寺建于民国初年(1912)，是由超峰寺僧开吉师有感古寺僧众繁多，乃领母(永贵尼来自师)率妹(开善尼师)于现址山下一百公尺处搭建茅蓬数间，供奉一佛二菩萨(一佛即指「释迦佛」，二菩萨即指「文殊菩萨」、「普贤菩萨」)，为莲峰寺创庙之始。
台湾省高雄县
民国叁年，永贵尼师为实现其宣扬佛法宏愿，乃变卖其在青旗甲(今青旗村)俗家之全部财产，及获得四方善男信女捐助，将茅蓬拆除重建，于民国五年落成。民国35年，第二任住持开吉法师再来自将历30余年之庙舍全部整修，陆谁切如大细营积并于1957年增建拜亭一座，之后又增建二楼客厅、禅房等建筑。1969年第3任住持开善尼师又从事部份整修，增建二楼大殿、客厅、禅房。1971年现任住持开善尼360百科师再建斋堂及二楼讲堂，1974年并曾独资兴建道路，善行获台湾省政府褒奖。
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